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L'ensemble des collections est accessible aux chercheurs :
 Collection paléontologique de Saint-Prest
Collections entomologiques
Collections préhistoriques
Collections géologiques
Le muséum possède des collections botaniques d'intérêt scientifique et historique : environ 10 000 planches d'herbiers du XVIIIème, XIXème et XXème siècles, plus de 15 000 ouvrages scientifiques anciens et récents.
Ce fond est consultable par les chercheurs et les universitaires sur rendez-vous uniquement.
 RECHERCHES
Le Muséum des Sciences Naturelles et de Préhistoire de Chartres contribue depuis de nombreuses années à une meilleure connaissance de la faune et de la flore du département d'Eure-et-Loir. Ces recherches ont fait l’objet de publications dans les bulletins des Amis du Muséum de Chartres et actuellement dans la revue Symbioses, revue éditée par l'association des muséums de la région Centre.
Le Muséum de Chartres participe en partenariat avec le Conservatoire Botanique National du Bassin Parisien dans le cadre d’une convention de trois ans (avril 2000 à avril 2003), à l'inventaire botanique du département d’Eure-et-Loir.
Recherches historiques : un répertoire des naturalistes d’Eure-et-Loir est en cours de réalisation comprenant tous les naturalistes qui ont vécus dans le département d’Eure-et-Loir.
DÉTERMINATION
L'équipe du muséum détermine gratuitement, et dans la mesure du possible, les spécimens (insectes, plantes, champignons…) que vous voudrez bien lui apporter.
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